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ファイルの上書きを防止するために、エディタのタイトルバーをフルパス表示にしておきます。

teraPadの場合

表示＞オプション＞ウィンドウ

・「タイトルバーのファイル名をフルパス表示」をチェック

・「省略形式」をチェック
＊長すぎても分かりにくいので上記をチェック

基本は、バックアップファイルをとることです。

個別のファイルは、_＋日付＋ファイル名のような形で取っておくといいでしょう。

ex「_100707index.html」

定期的にフォルダごと、バックアップをとる。あるいはバックアップソフトなどを利用することをおすすめします。